Ưu đãi đầu tư và nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao: miễn thuế và thuế suất ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với hoạt động sản xuất nông nghiệp, chế biến và sản xuất vật tư đầu vào, việc chấm dứt chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao và các loại hình công nghệ cao mới, khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, miễn, giảm tiền thuê đất và hỗ trợ bằng tiền theo Nghị định số 57/2018/NĐ-CP, thuế GTGT đối với nông sản và vật tư đầu vào, thuế nhập khẩu, tín dụng và bảo hiểm nông nghiệp, kèm ví dụ minh họa

Cấu trúc của các ưu đãi trong lĩnh vực nông nghiệp

Nông nghiệp là một trong những lĩnh vực được Luật Đầu tư năm 2025 ưu tiên, và Điều 15 Luật Đầu tư số 143/2025/QH15 dành cho dự án nông nghiệp bốn hình thức ưu đãi giống như đối với mọi dự án khác: ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, miễn thuế nhập khẩu, miễn, giảm tiền sử dụng đất, tiền thuê đất và thuế sử dụng đất, và khấu hao nhanh hoặc tăng mức chi phí được trừ (Ưu đãi đầu tư; Câu hỏi số 31). Tuy nhiên, những gì một dự án nông nghiệp thực sự được hưởng lại do một số văn bản khác quyết định, mỗi văn bản có danh mục và điều kiện riêng, và việc phân tích phải được thực hiện lần lượt theo từng văn bản.

Có sáu tầng quy định cần xem xét. Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp, Luật số 67/2025/QH15, áp dụng từ kỳ tính thuế năm 2025 và được hướng dẫn bởi Nghị định số 320/2025/NĐ-CP đã được sửa đổi, bổ sung, mang lại cho nông nghiệp ưu đãi có giá trị nhất: thu nhập được miễn thuế hoặc chịu thuế suất thấp căn cứ vào loại hoạt động và địa bàn. Luật Công nghệ cao, Luật số 133/2025/QH15, có hiệu lực từ ngày 01/7/2026, cùng Nghị định số 260/2026/NĐ-CP và Nghị định số 263/2026/NĐ-CP, điều chỉnh tư cách công nghệ cao và khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao. Các quy định về đất đai, gồm Điều 157 Luật Đất đai số 31/2024/QH15, Nghị định số 103/2024/NĐ-CP và Nghị định số 230/2025/NĐ-CP, cho phép miễn, giảm tiền thuê đất; đối với dự án nông nghiệp, khoản 2 Điều 5 Nghị định số 230/2025/NĐ-CP dẫn chiếu đến nghị định của Chính phủ về khuyến khích doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, tức Nghị định số 57/2018/NĐ-CP, văn bản cũng quy định hỗ trợ bằng tiền. Luật Thuế GTGT, Luật số 48/2024/QH15 được sửa đổi, bổ sung bởi Luật số 149/2025/QH15, đưa phần lớn nông sản và nhiều loại vật tư đầu vào vào đối tượng không chịu thuế GTGT hoặc chịu thuế suất 5%, đây là một quy tắc về chi phí hơn là một ưu đãi. Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, Luật số 107/2016/QH13, miễn thuế đối với thiết bị của dự án được hưởng ưu đãi. Và các nghị định hỗ trợ chuyên ngành về tín dụng (Nghị định số 55/2015/NĐ-CP đã được sửa đổi, bổ sung), bảo hiểm (Nghị định số 58/2018/NĐ-CP đã được sửa đổi, bổ sung) và liên kết (Nghị định số 98/2018/NĐ-CP) bổ sung các biện pháp hỗ trợ tài chính và chia sẻ rủi ro.

Tất cả các ưu đãi này áp dụng như nhau đối với doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài và doanh nghiệp Việt Nam; dự án có vốn đầu tư nước ngoài thường được ghi nhận ưu đãi trong Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, còn ưu đãi thuế TNDN trong cả hai trường hợp đều do doanh nghiệp tự xác định trong hồ sơ khai thuế (Câu hỏi số 40). Trường hợp dự án đáp ứng điều kiện hưởng nhiều mức ưu đãi khác nhau đối với cùng một khoản thu nhập, khoản 1 Điều 12 Luật Thuế TNDN cho phép doanh nghiệp lựa chọn mức ưu đãi có lợi nhất.

Thuế thu nhập doanh nghiệp: thu nhập từ nông nghiệp được miễn thuế

Điều 4 Luật số 67/2025/QH15 liệt kê các khoản thu nhập được miễn thuế TNDN hoàn toàn, chứ không chỉ chịu thuế suất thấp hơn, và nông nghiệp chiếm vị trí đáng kể trong danh mục này. Theo khoản 1 Điều 4, các khoản thu nhập sau được miễn thuế: thu nhập từ hoạt động đánh bắt hải sản; thu nhập của doanh nghiệp từ sản xuất sản phẩm cây trồng, trồng rừng, chăn nuôi, nuôi trồng thủy sản và từ chế biến nông sản, thủy sản (kể cả trường hợp doanh nghiệp mua nông sản, thủy sản để chế biến) tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn; và thu nhập của hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã từ các hoạt động nêu trên và từ sản xuất muối, không phân biệt địa bàn. Khoản 2 Điều 4 miễn thuế đối với thu nhập của hợp tác xã hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp, diêm nghiệp tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn hoặc đặc biệt khó khăn, và khoản 3 Điều 4 miễn thuế đối với thu nhập từ việc thực hiện dịch vụ kỹ thuật trực tiếp phục vụ nông nghiệp, không phân biệt bên cung cấp dịch vụ và địa bàn.

Có ba vấn đề cần lưu ý khi áp dụng. Tiêu chí địa bàn căn cứ vào nơi diễn ra hoạt động tạo ra thu nhập, đối chiếu với danh mục địa bàn do Chính phủ quy định cho mục đích thuế TNDN theo khoản 3 Điều 12; sau khi bỏ cấp huyện năm 2025, cần đối chiếu danh mục hiện hành để xác nhận xã nơi đặt trang trại hoặc nhà máy có thuộc danh mục hay không. Thu nhập từ chế biến chỉ được ưu đãi nếu hoạt động chế biến đáp ứng các điều kiện do Chính phủ quy định theo Điều 4 và điểm l khoản 2 Điều 12. Và thu nhập được miễn thuế phải được hạch toán riêng theo khoản 2 Điều 18, với chi phí chung được phân bổ theo tỷ lệ doanh thu hoặc tỷ lệ chi phí trong trường hợp không thể hạch toán riêng.

Thuế thu nhập doanh nghiệp: thuế suất ưu đãi và miễn, giảm thuế

Ngoài trường hợp miễn thuế, các Điều 12 đến Điều 14 Luật Thuế TNDN quy định một thang thuế suất cho các hoạt động nông nghiệp, được tóm tắt trong bảng dưới đây. Điểm khác biệt chủ yếu là giữa thuế suất áp dụng trong suốt thời gian hoạt động, không kèm miễn, giảm thuế, và thuế suất áp dụng cho dự án đầu tư mới trong một thời hạn nhất định, kèm thời gian miễn thuế, giảm thuế.

Áp dụng trong suốt thời gian hoạt động: thu nhập từ sản phẩm cây trồng, chăn nuôi, nuôi trồng thủy sản và chế biến (điểm l khoản 2 Điều 12) và từ nuôi trồng, phát triển rừng (điểm k khoản 2 Điều 12) chịu thuế suất 10% tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn (điểm a khoản 2 Điều 13) và 15% ngoài các địa bàn ưu đãi (khoản 3 Điều 13), so với thuế suất phổ thông 20%. Thu nhập từ trồng, chăm sóc, bảo vệ rừng, từ sản xuất, nhân và lai tạo giống cây trồng, giống vật nuôi, từ bảo quản nông sản sau thu hoạch và bảo quản nông sản, thủy sản và thực phẩm, và từ sản xuất muối không phải của hợp tác xã (điểm i khoản 2 Điều 12) chịu thuế suất 10% không phân biệt địa bàn hoạt động (điểm b khoản 2 Điều 13). Hợp tác xã nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp, diêm nghiệp ngoài các địa bàn ưu đãi cũng chịu thuế suất 10% (điểm d khoản 2 Điều 13).

Áp dụng cho dự án mới, kèm miễn, giảm thuế: dự án mới tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn, không phân biệt ngành, nghề, được áp dụng thuế suất 10% trong 15 năm, được miễn thuế bốn năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong chín năm tiếp theo (điểm c khoản 1 Điều 13 và khoản 1 Điều 14); dự án mới tại khu công nghệ cao hoặc khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao được hưởng cùng mức ưu đãi (điểm d khoản 1 Điều 13); và dự án mới sản xuất máy móc, thiết bị phục vụ sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp, diêm nghiệp, thiết bị tưới tiêu, hoặc thức ăn gia súc, gia cầm, thủy sản (điểm m khoản 2 Điều 12) được áp dụng thuế suất 17% trong 10 năm, được miễn thuế hai năm và giảm 50% trong bốn năm (điểm a khoản 4 Điều 13 và khoản 2 Điều 14), tương tự như mọi dự án mới tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn (điểm b khoản 4 Điều 13). Thời gian miễn thuế được tính từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế, hoặc từ năm thứ tư có doanh thu nếu không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu (khoản 4 Điều 14); thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi được tính từ năm đầu tiên có doanh thu (khoản 7 Điều 13). Dự án đầu tư mở rộng đáp ứng điều kiện có thể được hưởng ưu đãi của dự án ban đầu cho thời gian còn lại hoặc, nếu các ưu đãi đó đã hết, được miễn thuế, giảm thuế mới (khoản 5 và khoản 6 Điều 14) (Câu hỏi số 33).

Một số khoản thu nhập bị loại trừ bất kể loại hoạt động. Theo khoản 3 Điều 18, không áp dụng ưu đãi và không áp dụng các mức thuế suất dành cho doanh nghiệp nhỏ đối với thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng bất động sản hoặc chuyển nhượng dự án, thu nhập nhận được ngoài lãnh thổ Việt Nam, hoặc thu nhập từ sản xuất hàng hóa thuộc đối tượng chịu thuế tiêu thụ đặc biệt, điều này có ý nghĩa đối với doanh nghiệp chế biến bia, thuốc lá và, khi thuế này được mở rộng sang nước giải khát có đường từ ngày 01/01/2027, đối với một số doanh nghiệp sản xuất đồ uống. Ưu đãi cũng đòi hỏi doanh nghiệp thực hiện đúng chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và nộp thuế theo phương pháp kê khai (khoản 1 Điều 18), và ưu đãi thuế TNDN dành cho dự án mới không được áp dụng đối với dự án hình thành từ việc sáp nhập, chia, tách hoặc chuyển nhượng dự án hiện có (khoản 1 Điều 18). Các tập đoàn có doanh thu hợp nhất từ 750 triệu EUR trở lên thuộc phạm vi áp dụng thuế tối thiểu toàn cầu có thể phải nộp bổ sung để mức thuế suất nông nghiệp thấp được nâng lên 15% (Câu hỏi số 36).

Nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao sau Luật Công nghệ cao năm 2025

Đến hết ngày 30/6/2026, Việt Nam có một loại tư cách riêng là doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, do bộ quản lý ngành nông nghiệp cấp giấy chứng nhận theo Luật Công nghệ cao số 21/2008/QH12 và các tiêu chí tại Quyết định số 19/2018/QĐ-TTg. Giấy chứng nhận này gắn với mức ưu đãi thuế TNDN cao nhất, và điểm e khoản 2 Điều 12 Luật Thuế TNDN năm 2025 vẫn liệt kê loại doanh nghiệp này cùng với doanh nghiệp công nghệ cao. Luật Công nghệ cao số 133/2025/QH15, được thông qua ngày 10/12/2025 và có hiệu lực từ ngày 01/7/2026, đã thay thế luật năm 2008 và không tiếp tục duy trì loại hình này. Khoản 7 Điều 25 của Luật này sửa đổi Luật Thuế TNDN để bỏ cụm từ "doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao" và bổ sung quy định chuyển tiếp, theo đó doanh nghiệp đang có giấy chứng nhận cấp theo luật năm 2008 tiếp tục được hưởng ưu đãi cho đến khi giấy chứng nhận hết hạn, và Điều 27 giữ nguyên hiệu lực của các giấy chứng nhận cấp theo luật năm 2008 cho đến thời hạn ghi trên giấy chứng nhận. Do đó, doanh nghiệp nông nghiệp đang có giấy chứng nhận cần ghi nhận và theo dõi ngày hết hạn, vì không có cơ chế cấp lại tương đương.

Hiện nay, doanh nghiệp nông nghiệp công nghệ cao chỉ có thể đáp ứng điều kiện, nếu có, theo các loại hình chung của luật mới, tùy thuộc vào việc công nghệ và sản phẩm của doanh nghiệp có thuộc Danh mục công nghệ cao được ưu tiên đầu tư phát triển và Danh mục sản phẩm công nghệ cao được khuyến khích phát triển do Thủ tướng Chính phủ ban hành hay không; các danh mục này đã được cập nhật trong năm 2026 (trong đó có Quyết định số 23/2026/QĐ-TTg ngày 15/5/2026). Doanh nghiệp sản xuất sản phẩm công nghệ cao được áp dụng thuế suất 17% trong 10 năm, được miễn thuế hai năm và giảm 50% trong bốn năm; doanh nghiệp công nghệ cao nhóm 2, ngoài ra còn phải sở hữu hoặc có quyền sử dụng hợp pháp công nghệ và đáp ứng ngưỡng về doanh thu, chi cho nghiên cứu và phát triển tại Việt Nam và nhân lực nghiên cứu, được áp dụng thuế suất 10% trong 15 năm, được miễn thuế bốn năm và giảm 50% trong chín năm; và doanh nghiệp công nghệ cao nhóm 1, ngoài các điều kiện trên còn thực hiện nghiên cứu và phát triển hoặc đáp ứng ngưỡng nội địa hóa, được áp dụng thuế suất 10% trong 25 năm với cùng mức miễn, giảm thuế. Doanh nghiệp công nghệ chiến lược được hưởng mức ưu đãi của nhóm 1 nhưng, trừ trường hợp đặc biệt do Thủ tướng Chính phủ quyết định, phải có ít nhất 51% vốn thuộc sở hữu của nhà đầu tư trong nước. Nghị định số 260/2026/NĐ-CP ngày 30/6/2026 quy định chi tiết các tiêu chí; Bộ Khoa học và Công nghệ xác nhận doanh nghiệp công nghệ cao nhóm 1, doanh nghiệp công nghệ cao nhóm 2 có tổng vốn từ 6.000 tỷ đồng trở lên và doanh nghiệp công nghệ chiến lược, còn Sở Khoa học và Công nghệ cấp tỉnh xác nhận doanh nghiệp sản xuất sản phẩm công nghệ cao và doanh nghiệp nhóm 2 có quy mô nhỏ hơn. Dự thảo nghị định của Bộ Tài chính sửa đổi Nghị định số 320/2025/NĐ-CP để triển khai các mức thuế suất này đã được trình Thủ tướng Chính phủ ngày 31/7/2026.

Bên cạnh đó, điểm a khoản 2 Điều 12 Luật Thuế TNDN tiếp tục coi ứng dụng công nghệ cao thuộc danh mục ưu tiên là lĩnh vực được hưởng ưu đãi, do đó dự án mới ứng dụng công nghệ thuộc danh mục có thể được áp dụng thuế suất 10% trong 15 năm kèm miễn thuế 4 năm và giảm thuế 9 năm (điểm a khoản 1 Điều 13). Việc một hệ thống nhà kính, nuôi cấy mô hoặc chăn nuôi chính xác có phải là công nghệ thuộc danh mục hay không là vấn đề thực tế, và nhà đầu tư nên đề nghị xác nhận theo thủ tục mới hoặc lưu giữ hồ sơ kỹ thuật làm căn cứ cho đánh giá của mình.

Khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao tiếp tục được duy trì. Điều 24 Luật số 133/2025/QH15 xác định đây là nơi thực hiện nghiên cứu ứng dụng, sản xuất thử nghiệm, kiểm định, trình diễn, ươm tạo và chuyển giao công nghệ trong nông nghiệp, cho phép áp dụng cơ chế thử nghiệm có kiểm soát trong khu, và giao Ủy ban nhân dân cấp tỉnh thẩm quyền quyết định thành lập, mở rộng và điều chỉnh khu; các khu được thành lập trước ngày 01/7/2026 tiếp tục hoạt động, và hồ sơ đề nghị thành lập khu tiếp nhận trước ngày đó được giải quyết theo luật năm 2008. Nghị định số 263/2026/NĐ-CP, có hiệu lực từ ngày 01/7/2026, quy định sáu điều kiện thành lập (phù hợp với quy hoạch vùng hoặc quy hoạch tỉnh và đã được phân bổ chỉ tiêu sử dụng đất; kết nối giao thông, điện, nước và viễn thông; quỹ đất đủ diện tích và không bị chia cắt; hạ tầng số và phòng thí nghiệm; và phương án tài chính, nhân lực khả thi) và, theo thông tin được công bố, các hỗ trợ cho dự án trong khu bao gồm ưu tiên thực hiện nhiệm vụ khoa học và công nghệ sử dụng ngân sách nhà nước, hỗ trợ đến 100% một số chi phí đào tạo và chi phí đăng ký sở hữu trí tuệ trong nước, và hỗ trợ lãi suất bằng 70% lãi suất vay, tối đa 8%/năm, đối với thiết bị và dây chuyền sản xuất dùng để thương mại hóa công nghệ cao. Về thuế TNDN, dự án mới tại khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao được áp dụng thuế suất 10% trong 15 năm, được miễn thuế bốn năm và giảm 50% trong chín năm theo điểm d khoản 1 Điều 13 Luật Thuế TNDN; đây là ưu đãi theo địa bàn mà, khác với địa bàn khu công nghiệp, vẫn được giữ lại sau cải cách năm 2025 (Câu hỏi số 34).

Miễn, giảm tiền thuê đất và hỗ trợ bằng tiền theo Nghị định số 57/2018/NĐ-CP

Điểm a khoản 1 Điều 157 Luật Đất đai cho phép miễn, giảm tiền sử dụng đất, tiền thuê đất đối với đất sử dụng vào mục đích sản xuất, kinh doanh thuộc lĩnh vực ưu đãi đầu tư hoặc địa bàn ưu đãi đầu tư, và khoản 2 Điều 5 Nghị định số 230/2025/NĐ-CP ngày 19/8/2025 quy định việc miễn, giảm đối với dự án đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn của doanh nghiệp thực hiện theo chính sách của Chính phủ về khuyến khích doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn, tức là Nghị định số 57/2018/NĐ-CP ngày 17/4/2018. Nghị định này vẫn còn hiệu lực tại ngày 16/10/2026. Nghị định phân loại dự án nông nghiệp thuộc các ngành, nghề quy định tại phụ lục thành ba cấp theo địa bàn: dự án nông nghiệp đặc biệt ưu đãi đầu tư tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn, dự án nông nghiệp ưu đãi đầu tư tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn, và dự án nông nghiệp khuyến khích đầu tư tại các địa bàn nông thôn khác.

Hệ quả về tiền thuê đất theo Điều 6 là phần có giá trị nhất. Dự án nông nghiệp đặc biệt ưu đãi đầu tư được miễn tiền thuê đất, thuê mặt nước của Nhà nước kể từ ngày Nhà nước cho thuê, cho toàn bộ thời gian thuê; dự án nông nghiệp ưu đãi đầu tư được miễn trong 15 năm đầu và nộp 50% trong 7 năm tiếp theo; dự án nông nghiệp khuyến khích đầu tư được miễn trong 11 năm đầu và nộp 50% trong 5 năm tiếp theo; và doanh nghiệp nông nghiệp nhỏ và vừa mới thành lập được miễn trong 5 năm và nộp 50% trong 10 năm tiếp theo. Đất xây dựng nhà ở cho người lao động và một số công trình phi nông nghiệp của dự án đáp ứng điều kiện cũng được miễn. Điều 7 bổ sung hỗ trợ tập trung đất đai: Nhà nước hỗ trợ dự án nông nghiệp đặc biệt ưu đãi đầu tư 20% tiền thuê đất mà dự án trả cho hộ gia đình, cá nhân trong 5 năm đầu, và hỗ trợ dự án nhận góp vốn bằng quyền sử dụng đất để hình thành vùng nguyên liệu mức 50 triệu đồng/ha, tối đa 10 tỷ đồng/dự án. Theo Nghị quyết số 254/2025/QH15, việc miễn tiền thuê đất cho toàn bộ thời gian thuê không cần làm thủ tục đề nghị riêng, nhưng việc miễn tiền thuê đất trong nhiều năm nên được đề nghị cùng với hồ sơ thuê đất để được ghi nhận (Tiền thuê đất, giá đất và Nghị quyết 254). Nghị định số 230/2025/NĐ-CP bổ sung việc giảm tiền thuê đất đối với doanh nghiệp nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng thủy sản sử dụng lao động là người dân tộc thiểu số (giảm 50% khi số lao động này chiếm từ 30% đến dưới 50% tổng số lao động, miễn khi chiếm từ 50% trở lên) và việc miễn, giảm cho người thuê đất có cây trồng, vật nuôi bị thiệt hại do thiên tai, hỏa hoạn.

Nghị định cũng quy định hỗ trợ bằng tiền, được chi trả sau đầu tư từ ngân sách địa phương và ngân sách trung ương: hỗ trợ lãi suất đối với khoản vay thương mại trong tối đa 8 năm đối với dự án đặc biệt ưu đãi đầu tư, 6 năm đối với dự án ưu đãi đầu tư và 5 năm đối với dự án khuyến khích đầu tư, cho khoản vay tối đa 70% tổng mức đầu tư của dự án (Điều 8); hỗ trợ kinh phí nghiên cứu, mua công nghệ, xây dựng cơ sở nuôi cấy mô và sản xuất giống cây trồng, giống vật nuôi (Điều 9); hỗ trợ đào tạo và phát triển thị trường (Điều 10); hỗ trợ cơ sở chế biến, bao gồm 60% chi phí đầu tư kết cấu hạ tầng và thiết bị của dự án, tối đa 15 tỷ đồng, với điều kiện về giá trị sản phẩm đầu ra (Điều 11); hỗ trợ trang trại chăn nuôi bò sữa, bò thịt tập trung mức 5 tỷ đồng/dự án (Điều 12); và hỗ trợ kết cấu hạ tầng nông thôn, bao gồm 200 triệu đồng/ha đối với dự án nuôi trồng thủy sản có quy mô từ 5 ha trở lên, tối đa 10 tỷ đồng (Điều 13). Khoản hỗ trợ do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định sau khi Sở Tài chính thẩm định và được giải ngân 70% khi nghiệm thu công trình và 30% sau khi dự án đi vào hoạt động. Nghị định áp dụng đối với doanh nghiệp được thành lập theo Luật Doanh nghiệp, một định nghĩa không loại trừ doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài, nhưng nguồn kinh phí đến từ ngân sách cấp tỉnh có hạn, do đó cần có cam kết bằng văn bản trước khi đầu tư. Ngoài ra, một nghị định thay thế đang được xây dựng: tại cuộc họp ngày 31/3/2026, Phó Thủ tướng Chính phủ đã yêu cầu Bộ Tài chính, phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Môi trường, hoàn thiện dự thảo theo hướng hỗ trợ đến 30% chi phí đầu tư, giới hạn mức hỗ trợ cho vùng nguyên liệu ở 10 tỷ đồng/dự án và hạ ngưỡng vốn đầu tư của dự án chế biến được hỗ trợ từ 60 tỷ đồng xuống 45 tỷ đồng.

Thuế GTGT đối với nông sản và vật tư đầu vào

Thuế GTGT tác động đến biên lợi nhuận trong nông nghiệp nhiều hơn bất kỳ loại thuế nào khác, và các quy định về thuế này đã thay đổi hai lần trong sáu tháng (Thuế GTGT và hóa đơn điện tử). Theo Điều 5 Luật số 48/2024/QH15, được sửa đổi, bổ sung bởi Luật số 149/2025/QH15 từ ngày 01/01/2026, các đối tượng sau không chịu thuế GTGT: sản phẩm trồng trọt, trồng rừng, chăn nuôi, nuôi trồng thủy sản, đánh bắt thủy sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường, do tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu (khoản 1 Điều 5); giống vật nuôi và vật liệu nhân giống cây trồng (khoản 2 Điều 5); thức ăn chăn nuôi và thức ăn thủy sản (khoản 3 Điều 5); dịch vụ tưới, tiêu nước, cày, bừa đất, nạo vét kênh, mương nội đồng và dịch vụ thu hoạch sản phẩm nông nghiệp (khoản 6 Điều 5); và bảo hiểm cây trồng, vật nuôi và bảo hiểm nông nghiệp khác (khoản 8 Điều 5).

Ở khâu kinh doanh thương mại, từ ngày 01/01/2026 Luật số 149/2025/QH15 đã khôi phục quy định theo đó doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã mua sản phẩm chưa qua chế biến và bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT nhưng được khấu trừ thuế GTGT đầu vào; trong thời gian từ ngày 01/7/2025 đến ngày 31/12/2025, các giao dịch bán này chịu thuế suất 5%. Doanh nghiệp thương mại bán sản phẩm chưa qua chế biến cho hộ gia đình, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh và người tiêu dùng chịu thuế suất 5% (điểm d khoản 2 Điều 9). Nông sản đã qua chế biến, gỗ và măng chịu thuế suất phổ thông 10%, được giảm còn 8% đến hết ngày 31/12/2026 đối với hàng hóa không thuộc diện loại trừ. Vật tư đầu vào chịu thuế suất 5% nếu thuộc danh mục: phân bón, quặng để sản xuất phân bón, thuốc bảo vệ thực vật và chất kích thích tăng trưởng vật nuôi (điểm b khoản 2 Điều 9); nạo vét, đào đắp kênh, mương, ao hồ phục vụ sản xuất nông nghiệp, dịch vụ nuôi trồng, chăm sóc, phòng trừ sâu bệnh cho cây trồng, sơ chế, bảo quản sản phẩm nông nghiệp (điểm c khoản 2 Điều 9); và máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ sản xuất nông nghiệp theo quy định của Chính phủ, và tàu đánh bắt xa bờ (điểm g khoản 2 Điều 9).

Hệ quả đối với người trồng là việc bán nông sản chưa qua chế biến do mình sản xuất thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, do đó thuế GTGT đầu vào của phân bón, kết cấu nhà kính, thiết bị và dịch vụ gắn với các sản phẩm này về nguyên tắc không được khấu trừ và trở thành chi phí; thuế GTGT đầu vào gắn với hàng hóa, dịch vụ chịu thuế hoặc xuất khẩu được khấu trừ, với việc phân bổ theo tỷ lệ doanh thu trong trường hợp vật tư đầu vào dùng chung. Cơ sở kinh doanh chỉ cung cấp hàng hóa chịu thuế suất 5% có thể đề nghị hoàn thuế khi số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết đạt từ 300 triệu đồng trở lên sau 12 tháng hoặc bốn quý. Luật số 149/2025/QH15 cũng đã bãi bỏ, từ ngày 01/01/2026, điều kiện trong luật năm 2024 về việc người bán phải đã kê khai, nộp thuế GTGT đối với hóa đơn dùng để đề nghị hoàn thuế, và nâng ngưỡng doanh thu hằng năm mà dưới mức đó hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh, bao gồm nhiều hộ sản xuất nông nghiệp, không chịu thuế GTGT từ 200 triệu đồng lên 500 triệu đồng.

Thuế nhập khẩu, hỗ trợ tín dụng, bảo hiểm và liên kết

Thuế nhập khẩu. Theo Điều 16 Luật số 107/2016/QH13, hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định của dự án thuộc ngành, nghề hoặc địa bàn ưu đãi đầu tư, như kết cấu nhà kính, hệ thống điều khiển khí hậu, thiết bị tưới, kho lạnh và dây chuyền chế biến mà trong nước chưa sản xuất được, được miễn thuế nhập khẩu trên cơ sở danh mục hàng hóa miễn thuế được thông báo cho cơ quan hải quan trước lần nhập khẩu đầu tiên, và việc miễn thuế bị mất, kèm theo truy thu thuế và tiền chậm nộp, nếu hàng hóa bị bán hoặc sử dụng sai mục đích (Hải quan và thuế nhập khẩu; Câu hỏi số 37). Trước khi dựa vào việc miễn thuế, nhà đầu tư nên đối chiếu với Nghị định số 96/2026/NĐ-CP và quy định về hải quan để xác nhận lĩnh vực nông nghiệp của mình thuộc ngành, nghề ưu đãi đầu tư, và xác nhận giống cây trồng, giống vật nuôi nhập khẩu được phép nhập khẩu theo pháp luật về trồng trọt và chăn nuôi.

Tín dụng. Nghị định số 55/2015/NĐ-CP về chính sách tín dụng phục vụ phát triển nông nghiệp, nông thôn, được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 116/2018/NĐ-CP và, từ ngày 01/7/2025, Nghị định số 156/2025/NĐ-CP, cho phép tổ chức tín dụng cho vay không có tài sản bảo đảm tối đa 300 triệu đồng đối với cá nhân, hộ gia đình, 500 triệu đồng đối với tổ hợp tác và hộ kinh doanh, 3 tỷ đồng đối với chủ trang trại và 5 tỷ đồng đối với hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã, và từ ngày 01/7/2025, tối đa 70% giá trị dự án, phương án sản xuất nông nghiệp hữu cơ hoặc nông nghiệp tuần hoàn; quy định sửa đổi năm 2018 đã cho phép khách hàng có dự án, phương án sản xuất nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao vay không có tài sản bảo đảm từ 70% đến 80% giá trị dự án. Việc phê duyệt khoản vay vẫn thuộc quyết định cấp tín dụng của ngân hàng.

Bảo hiểm nông nghiệp. Nghị định số 58/2018/NĐ-CP quy định việc Nhà nước hỗ trợ phí bảo hiểm nông nghiệp, và Nghị định số 346/2026/NĐ-CP ngày 05/9/2026, có hiệu lực từ ngày 20/10/2026, nâng mức hỗ trợ tối đa lên 95% phí bảo hiểm đối với hộ nghèo, hộ cận nghèo, 50% đối với cá nhân sản xuất khác và 30% đối với tổ chức sản xuất nông nghiệp đáp ứng điều kiện, nhóm đối tượng bao gồm doanh nghiệp, tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã đáp ứng điều kiện về liên kết sản xuất, chất lượng sản phẩm hoặc ứng dụng công nghệ cao. Nghị định mở rộng phạm vi bảo hiểm ra ngoài các sản phẩm đã được liệt kê (lúa, cao su, cà phê, trâu, bò, lợn, gia cầm, tôm, cá tra và các sản phẩm khác) sang các loại cây trồng, vật nuôi chủ lực và cây lâm nghiệp khác, công nhận sản phẩm bảo hiểm theo chỉ số, và giao Hội đồng nhân dân cấp tỉnh quyết định địa bàn, đối tượng được hỗ trợ, rủi ro được bảo hiểm, mức hỗ trợ và thời gian hỗ trợ trong phạm vi ngân sách của địa phương.

Liên kết. Nghị định số 98/2018/NĐ-CP hỗ trợ doanh nghiệp chủ trì liên kết đáp ứng điều kiện với hợp tác xã và nông dân, thông qua hỗ trợ chi phí tư vấn, kết cấu hạ tầng, giống và vật tư đầu vào, đào tạo và bao bì, theo các điều kiện được trình bày tại mục Chế biến nông sản, an toàn thực phẩm, hợp tác xã và sản xuất theo hợp đồng.

Cách xây dựng và đề nghị hưởng gói ưu đãi cho dự án nông nghiệp

1. Xác định hoạt động và địa bànPhân loại từng nguồn thu nhập và đối chiếu danh mục hiện hành của Chính phủ để xác nhận xã nơi đặt dự án có thuộc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn hoặc đặc biệt khó khăn hay không, hoặc địa điểm dự án có nằm trong khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao hay không.
2. Lựa chọn mức ưu đãi thuế TNDN có lợi nhấtSo sánh mức miễn thuế, thuế suất 10% hoặc 15% áp dụng trong suốt thời gian hoạt động và mọi gói ưu đãi dành cho dự án mới; khoản 1 Điều 12 Luật Thuế TNDN cho phép áp dụng mức có lợi nhất đối với cùng một khoản thu nhập.
3. Kiểm tra tư cách công nghệ caoNếu dự án dựa vào công nghệ cao, đối chiếu sản phẩm và công nghệ của dự án với các danh mục năm 2026 và tiêu chí tại Nghị định số 260/2026/NĐ-CP, và theo dõi ngày hết hạn của giấy chứng nhận đã cấp theo luật năm 2008, nếu có.
4. Ghi nhận ưu đãi trong Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư và hợp đồng thuê đấtĐề nghị ghi nhận các ưu đãi về thuế TNDN, thuế nhập khẩu và tiền thuê đất cùng căn cứ pháp lý của từng ưu đãi trong Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, và nộp hồ sơ đề nghị miễn tiền thuê đất cùng với hồ sơ thuê đất.
5. Đề nghị hỗ trợ theo Nghị định số 57/2018/NĐ-CP trước khi đầu tưNộp hồ sơ đề nghị hỗ trợ tại Sở Tài chính và có được văn bản cam kết của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh trước khi xây dựng công trình, vì khoản hỗ trợ chỉ được chi trả sau khi nghiệm thu.
6. Thông báo danh mục hàng hóa miễn thuếThông báo cho cơ quan hải quan danh mục hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định được miễn thuế trước lần nhập khẩu đầu tiên, và sử dụng hàng hóa đúng mục đích cho dự án.
7. Hạch toán riêngHạch toán riêng thu nhập được miễn thuế, thu nhập được hưởng thuế suất ưu đãi và thu nhập thông thường, cũng như thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế, chịu thuế suất 5% và 10%, để có thể chứng minh ưu đãi và tình trạng thuế GTGT đầu vào khi thanh tra, kiểm tra.
8. Duy trì điều kiện hưởng ưu đãiTheo dõi danh mục địa bàn, điều kiện về chế biến và tỷ lệ lao động; số tiền ưu đãi được hưởng không đúng sẽ bị truy thu kèm tiền chậm nộp.