Hải quan và thuế nhập khẩu: cơ quan hải quan, thuế suất và các hiệp định thương mại tự do, quy tắc xuất xứ, miễn thuế cho dự án, doanh nghiệp chế xuất và kho ngoại quan, thuế tiêu thụ đặc biệt và thuế bảo vệ môi trường, trị giá hải quan và kiểm tra sau thông quan

Văn bản pháp luật và cơ quan hải quan

Thủ tục hải quan được điều chỉnh bởi Luật Hải quan số 54/2014/QH13 và các nghị định hướng dẫn, và thuế được điều chỉnh bởi Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13, cả hai đều được sửa đổi, bổ sung bởi Luật số 90/2025/QH15, có hiệu lực từ ngày 01/7/2025, đồng thời bổ sung định nghĩa luật định về xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ. Quy định chi tiết về thuế được nêu tại Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 18/2021/NĐ-CP và Nghị định số 182/2025/NĐ-CP ngày 01/7/2025, trong đó bổ sung các trường hợp miễn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu phục vụ khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo và công nghệ số. Biểu thuế được ban hành bằng nghị định của Chính phủ (biểu thuế chính là Nghị định số 26/2023/NĐ-CP, đã được sửa đổi, bổ sung), với một nghị định riêng cho biểu thuế ưu đãi đặc biệt của từng hiệp định thương mại tự do.

Cơ quan hải quan đã thay đổi tên gọi và cơ cấu trong năm 2025. Theo Quyết định số 382/QĐ-BTC ngày 26/02/2025, có hiệu lực từ ngày 01/3/2025, Tổng cục Hải quan trở thành Cục Hải quan, một cục thuộc Bộ Tài chính với mười hai đơn vị ở trung ương, và các cục hải quan tỉnh trước đây được hợp nhất thành 20 Chi cục Hải quan khu vực, dưới đó là các hải quan cửa khẩu và địa điểm thông quan nội địa. Các văn bản, mẫu biểu và trang thông tin điện tử cũ vẫn còn đề cập đến Tổng cục Hải quan và các cục hải quan tỉnh. Tờ khai được nộp điện tử qua Hệ thống VNACCS/VCIS và Cơ chế một cửa quốc gia, và thuế được nộp điện tử trước khi hàng hóa được giải phóng, trừ khi có bảo lãnh hoặc doanh nghiệp được áp dụng chế độ ưu tiên cho phép nộp sau.

Các loại thuế thu khi nhập khẩu

Tại cửa khẩu, người nhập khẩu nộp thuế nhập khẩu trên trị giá hải quan theo thuế suất tương ứng với mã HS và xuất xứ của hàng hóa; thuế GTGT trên trị giá hải quan cộng thuế nhập khẩu và thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường (nếu có), theo thuế suất 10%, 8%, 5% hoặc không chịu thuế như đối với hàng hóa, dịch vụ trong nước (Thuế GTGT và hóa đơn điện tử); thuế tiêu thụ đặc biệt đối với hàng hóa thuộc đối tượng chịu thuế này; và thuế bảo vệ môi trường đối với hàng hóa thuộc đối tượng chịu thuế này. Thuế GTGT khâu nhập khẩu đã nộp được khấu trừ như thuế GTGT đầu vào đối với người nhập khẩu áp dụng phương pháp khấu trừ, do đó đối với phần lớn doanh nghiệp, chi phí thực tế là thuế nhập khẩu và thuế tiêu thụ đặc biệt (nếu có). Thuế xuất khẩu chỉ áp dụng đối với một danh mục hàng hóa hạn chế, chủ yếu là tài nguyên thiên nhiên và khoáng sản, và thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp có thể được áp dụng thêm đối với hàng hóa thuộc quyết định áp dụng biện pháp phòng vệ thương mại của Bộ Công Thương.

Thuế suất thuế nhập khẩu áp dụng là một trong ba loại. Thuế suất ưu đãi (MFN) áp dụng đối với hàng hóa có xuất xứ từ nước dành cho Việt Nam đối xử tối huệ quốc, trên thực tế là tất cả các thành viên WTO. Thuế suất ưu đãi đặc biệt áp dụng đối với hàng hóa có xuất xứ từ nước đã ký hiệp định thương mại tự do với Việt Nam, với điều kiện xuất trình chứng từ chứng nhận xuất xứ hợp lệ và hàng hóa đáp ứng quy tắc vận chuyển của hiệp định. Thuế suất thông thường, bằng 150% thuế suất ưu đãi, áp dụng đối với hàng hóa từ một số ít nước không dành đối xử tối huệ quốc. Việc phân loại theo Danh mục hàng hóa hài hòa ASEAN quyết định thuế suất và là nguyên nhân phổ biến nhất của tranh chấp hải quan, cùng với trị giá hải quan và xuất xứ.

Hiệp định thương mại tự do và quy tắc xuất xứ

Việt Nam có mạng lưới rộng các hiệp định thương mại tự do đang có hiệu lực, trong đó quan trọng nhất đối với nhà đầu tư nước ngoài là CPTPP (với các đối tác bao gồm Australia, Brunei, Canada, Chile, Nhật Bản, Malaysia, Mexico, New Zealand, Peru, Singapore và Vương quốc Anh), Hiệp định thương mại tự do Liên minh châu Âu - Việt Nam (EVFTA), Hiệp định thương mại tự do Vương quốc Anh - Việt Nam (UKVFTA), kế thừa EVFTA đối với Vương quốc Anh, và RCEP (ASEAN với Australia, Trung Quốc, Nhật Bản, Hàn Quốc và New Zealand), cùng với Hiệp định Thương mại hàng hóa ASEAN và các hiệp định giữa ASEAN với Trung Quốc, Hàn Quốc, Nhật Bản, Ấn Độ và Australia - New Zealand. Mỗi hiệp định có lộ trình cắt giảm thuế quan riêng, được thực hiện bằng một nghị định của Chính phủ, và có quy tắc xuất xứ riêng.

Ưu đãi chỉ được áp dụng nếu hàng hóa có xuất xứ theo quy tắc của hiệp định: có xuất xứ thuần túy, hoặc được chuyển đổi cơ bản thông qua chuyển đổi mã số hàng hóa, đạt ngưỡng hàm lượng giá trị khu vực hoặc trải qua công đoạn gia công, chế biến cụ thể, và được vận chuyển theo quy định của hiệp định. Chứng từ chứng nhận xuất xứ là giấy chứng nhận xuất xứ do cơ quan có thẩm quyền của nước xuất khẩu cấp hoặc, nếu hiệp định cho phép, văn bản tự chứng nhận xuất xứ của nhà xuất khẩu, nhà nhập khẩu hoặc nhà sản xuất: tự chứng nhận xuất xứ theo CPTPP, và, theo EVFTA, chứng từ tự chứng nhận xuất xứ của nhà xuất khẩu đã đăng ký trong hệ thống REX của EU đối với hàng hóa vận chuyển từ EU sang Việt Nam. REX là hệ thống dành cho nhà xuất khẩu EU: nhà xuất khẩu Việt Nam xuất hàng sang EU sử dụng giấy chứng nhận xuất xứ mẫu EUR.1 do Bộ Công Thương cấp hoặc, nếu đáp ứng điều kiện, văn bản tự chứng nhận xuất xứ theo Thông tư số 14/2026/TT-BCT ngày 25/3/2026 quy định quy tắc xuất xứ trong EVFTA. Doanh nghiệp sản xuất có vốn đầu tư nước ngoài xuất khẩu từ Việt Nam cần thực hiện phân tích tương tự theo chiều ngược lại: sản phẩm chỉ được hưởng ưu đãi tại thị trường nhập khẩu nếu có đủ giá trị gia tăng hoặc mức độ chuyển đổi tại Việt Nam, và doanh nghiệp xin cấp giấy chứng nhận xuất xứ Việt Nam từ các tổ chức cấp thuộc Bộ Công Thương. Cơ quan hải quan kiểm tra xuất xứ sau thông quan và có thể từ chối ưu đãi hồi tố, do đó định mức nguyên vật liệu, dữ liệu chi phí và bản khai của nhà cung cấp làm căn cứ cho từng chứng nhận xuất xứ cần được lưu giữ trong suốt thời hạn kiểm tra.

Miễn thuế đối với dự án đầu tư

Theo Điều 16 Luật số 107/2016/QH13, hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định của dự án thuộc ngành, nghề hoặc địa bàn ưu đãi đầu tư, hoặc của dự án sử dụng vốn ODA, được miễn thuế nhập khẩu: máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải chuyên dùng, linh kiện, chi tiết, bộ phận rời, phụ tùng và vật tư xây dựng trong nước chưa sản xuất được. Việc miễn thuế áp dụng đối với dự án mới và dự án mở rộng, thay thế, và nhà thầu nhập khẩu cho dự án cũng được hưởng. Nguyên liệu, vật tư, linh kiện trong nước chưa sản xuất được được miễn thuế trong thời hạn năm năm kể từ ngày bắt đầu sản xuất đối với dự án thuộc ngành, nghề đặc biệt ưu đãi đầu tư hoặc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn, trừ dự án khai thác khoáng sản; theo Nghị định số 182/2025/NĐ-CP, việc miễn thuế tương tự trong năm năm áp dụng đối với doanh nghiệp khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo và công nghệ số đáp ứng điều kiện, và nguyên liệu, vật tư được miễn thuế chưa sử dụng phải được khai báo và nộp thuế khi hết thời hạn. Các điều kiện theo pháp luật đầu tư để được hưởng các ưu đãi này được trình bày tại mục Ưu đãi đầu tư (Câu hỏi thường gặp số 37).

Việc miễn thuế được cơ quan hải quan quản lý trên cơ sở danh mục hàng hóa miễn thuế được thông báo cho cơ quan hải quan trước lần nhập khẩu đầu tiên, theo Điều 30 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 182/2025/NĐ-CP, thông qua hệ thống điện tử; sau đó người nhập khẩu khai từng lô hàng theo danh mục. Hàng hóa phải được sử dụng đúng mục đích: việc bán, cho thuê hoặc chuyển nhượng, hoặc sử dụng vào mục đích khác, phải được khai báo và nộp số thuế đã được miễn, tính trên giá trị còn lại. Thuế GTGT khâu nhập khẩu tách biệt với việc miễn thuế nhập khẩu: trừ khi hàng hóa thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, dự án nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu tại cửa khẩu và được khấu trừ theo phương pháp khấu trừ hoặc, trong giai đoạn đầu tư, theo thủ tục hoàn thuế GTGT (Thuế GTGT và hóa đơn điện tử).

Thủ tục nhập khẩu thiết bị miễn thuế cho dự án được hưởng ưu đãi

1. Xác nhận điều kiện của dự ánKiểm tra dự án thuộc ngành, nghề hoặc địa bàn ưu đãi đầu tư theo Luật Đầu tư và Nghị định số 96/2026/NĐ-CP, và Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư ghi nhận ưu đãi trong trường hợp dự án có Giấy chứng nhận này.
2. Đối chiếu hàng hóa với khả năng sản xuất trong nướcXác nhận từng mặt hàng là tài sản cố định của dự án và không thuộc danh mục hàng hóa trong nước đã sản xuất được do Bộ Tài chính ban hành; hàng hóa trong nước đã sản xuất được không được miễn thuế.
3. Lập danh mục hàng hóa miễn thuếLiệt kê từng mặt hàng theo tên, mã HS, số lượng và trị giá, phù hợp với hồ sơ đầu tư của dự án và hợp đồng mua thiết bị.
4. Thông báo danh mục cho cơ quan hải quanThông báo danh mục bằng phương thức điện tử cho chi cục hải quan trước lần nhập khẩu đầu tiên, theo Điều 30 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP đã được sửa đổi, bổ sung, kèm các tài liệu theo yêu cầu của nghị định.
5. Khai từng lô hàng theo danh mụcKhai hàng nhập khẩu theo mã miễn thuế, trừ lùi số lượng trên danh mục đã thông báo; cơ quan hải quan theo dõi số lượng còn lại.
6. Sử dụng hàng hóa đúng mục đích và báo cáoSử dụng hàng hóa cho dự án, báo cáo tình hình sử dụng theo quy định, và khai, nộp thuế nếu bất kỳ mặt hàng nào được bán, cho thuê hoặc sử dụng vào mục đích khác.

Doanh nghiệp chế xuất, kho ngoại quan và gia công, sản xuất xuất khẩu

Doanh nghiệp chế xuất là doanh nghiệp, trong hoặc ngoài khu chế xuất, được coi là nằm ngoài lãnh thổ hải quan của Việt Nam, theo cơ chế tại Nghị định số 35/2022/NĐ-CP về quản lý khu công nghiệp và khu kinh tế và các quy định về hải quan. Hàng hóa từ nước ngoài đưa vào doanh nghiệp chế xuất không chịu thuế nhập khẩu và thuế GTGT khâu nhập khẩu; hàng hóa từ thị trường nội địa bán cho doanh nghiệp chế xuất là hàng xuất khẩu, áp dụng thuế suất thuế GTGT 0%; và hàng hóa từ doanh nghiệp chế xuất bán vào thị trường nội địa là hàng nhập khẩu mà bên mua phải nộp thuế nhập khẩu và thuế GTGT. Doanh nghiệp chế xuất phải đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan, bao gồm hàng rào ngăn cách với bên ngoài và hệ thống camera giám sát kết nối với cơ quan hải quan, và phải đăng ký tư cách doanh nghiệp chế xuất trên Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư. Cơ chế này phù hợp với doanh nghiệp sản xuất xuất khẩu gần như toàn bộ sản lượng; doanh nghiệp sản xuất bán một phần đáng kể vào thị trường nội địa thường thấy mô hình doanh nghiệp thông thường kết hợp loại hình sản xuất xuất khẩu linh hoạt hơn.

Doanh nghiệp thông thường được nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng xuất khẩu miễn thuế nhập khẩu, với điều kiện khai theo loại hình sản xuất xuất khẩu, thông báo cơ sở sản xuất cho cơ quan hải quan, và xuất khẩu thành phẩm, báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư hằng năm; nguyên liệu, vật tư không được xuất khẩu trong thời hạn quy định phải chịu thuế. Hàng hóa nhập khẩu để gia công cho thương nhân nước ngoài cũng được miễn thuế tương tự. Kho ngoại quan, được cơ quan hải quan cấp phép theo Nghị định số 68/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 67/2020/NĐ-CP, cho phép hàng hóa nước ngoài được lưu giữ tại Việt Nam mà không phải nộp thuế nhập khẩu và thuế GTGT cho đến khi được nhập khẩu vào thị trường nội địa hoặc tái xuất. Xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ, tức hàng hóa được giao tại Việt Nam theo chỉ định của bên mua nước ngoài, nay được định nghĩa trong Luật Hải quan bởi Luật số 90/2025/QH15 và áp dụng thuế suất thuế GTGT 0%.

Thuế tiêu thụ đặc biệt và thuế bảo vệ môi trường

Thuế tiêu thụ đặc biệt được điều chỉnh bởi Luật số 66/2025/QH15, được thông qua ngày 14/6/2025 và có hiệu lực từ ngày 01/01/2026, áp dụng khi nhập khẩu và khi sản xuất trong nước đối với thuốc lá, rượu, bia, xe ô tô dưới 24 chỗ, xe mô tô có dung tích xi lanh trên 125 cm³, tàu bay và du thuyền, xăng, điều hòa nhiệt độ công suất trên 24.000 BTU đến 90.000 BTU, bài lá và hàng mã, và đối với các dịch vụ như kinh doanh casino, đặt cược, karaoke, mát-xa, golf và xổ số. Luật năm 2025 nâng thuế suất đối với bia và rượu từ 20 độ trở lên lên 65% trong năm 2026, tăng năm điểm phần trăm mỗi năm lên 90% vào năm 2031; chuyển thuốc lá sang áp dụng thêm mức thuế tuyệt đối theo bao từ năm 2027; và bổ sung nước giải khát có hàm lượng đường trên 5 g/100 ml từ ngày 01/01/2027, với thuế suất 8% tăng lên 10% vào năm 2028. Doanh nghiệp sản xuất hoặc nhập khẩu các hàng hóa này nên lập mô hình lộ trình thuế suất khi xây dựng giá.

Thuế bảo vệ môi trường được thu theo Luật số 57/2010/QH12 theo mức tuyệt đối trên mỗi đơn vị đối với xăng, dầu diesel và các loại nhiên liệu khác, than, môi chất HCFC, túi ni lông và một số hóa chất hạn chế sử dụng, theo mức thuế do Ủy ban Thường vụ Quốc hội quy định trong khung của luật. Mức thuế đối với nhiên liệu đã nhiều lần được giảm tạm thời; Nghị quyết số 19/2026/QH16 quy định mức thuế bằng không đối với xăng, dầu diesel, dầu hỏa, dầu mazut và nhiên liệu bay từ ngày 16/4 đến ngày 30/6/2026 và cho phép Chính phủ kéo dài hoặc rút ngắn thời hạn, do đó cần kiểm tra mức thuế hiện hành tại thời điểm nhập khẩu. Hoạt động khai thác khoáng sản còn chịu thuế tài nguyên và phí bảo vệ môi trường, được trình bày tại Chương 10.

Trị giá hải quan và kiểm tra sau thông quan

Trị giá hải quan của hàng nhập khẩu được xác định theo Hiệp định trị giá hải quan của WTO, được thực hiện thông qua Thông tư số 39/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư số 60/2019/TT-BTC: chủ yếu là trị giá giao dịch, tức giá thực tế đã thanh toán hoặc sẽ phải thanh toán, được điều chỉnh bằng cách cộng thêm các khoản như phí bản quyền và phí giấy phép là điều kiện của việc mua bán hàng hóa, trừ phí hoa hồng mua hàng, các khoản trợ giúp do người mua cung cấp miễn phí, và chi phí vận tải, bảo hiểm đến cửa khẩu nhập đầu tiên. Trường hợp người mua và người bán có quan hệ đặc biệt, cơ quan hải quan xem xét liệu mối quan hệ đó có ảnh hưởng đến giá hay không và có thể bác bỏ trị giá giao dịch. Phí bản quyền trả cho công ty mẹ đối với công nghệ hàm chứa trong linh kiện nhập khẩu là khoản điều chỉnh điển hình: khoản phí này có thể phải chịu thuế tại cửa khẩu đồng thời chịu thuế nhà thầu nước ngoài và bị xem xét về giao dịch liên kết, và ba phân tích này cần thống nhất với nhau.

Cơ quan hải quan có thể kiểm tra sau thông quan tại trụ sở cơ quan hải quan hoặc tại trụ sở người nhập khẩu trong thời hạn năm năm kể từ ngày đăng ký tờ khai, theo Luật số 54/2014/QH13, xem xét việc phân loại, trị giá, xuất xứ, việc sử dụng hàng hóa miễn thuế và việc quyết toán nguyên liệu, vật tư sản xuất hàng xuất khẩu. Việc lựa chọn đối tượng kiểm tra dựa trên rủi ro; doanh nghiệp được miễn thuế, áp dụng loại hình sản xuất xuất khẩu, có giao dịch liên kết hoặc hưởng ưu đãi theo FTA là các đối tượng thường gặp. Số thuế nhập khẩu và thuế GTGT khâu nhập khẩu nộp thiếu bị truy thu cùng tiền chậm nộp, và xử phạt theo Nghị định số 128/2020/NĐ-CP về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan, đã được sửa đổi, bổ sung. Người nhập khẩu chưa chắc chắn về phân loại, xuất xứ hoặc trị giá có thể đề nghị cơ quan hải quan xác định trước trước khi nhập khẩu, kết quả xác định trước có giá trị ràng buộc đối với cơ quan hải quan khi các tình tiết không thay đổi.