Quản lý thuế, kiểm tra thuế và tranh chấp: Luật Quản lý thuế năm 2025, đăng ký và khai thuế, thuế điện tử, xử phạt và tiền chậm nộp, thời hiệu, kiểm tra và thanh tra, cưỡng chế và tạm hoãn xuất cảnh, khiếu nại và khởi kiện tại Tòa án

Văn bản pháp luật và cơ quan thuế

Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 được thông qua ngày 10/12/2025 và có hiệu lực từ ngày 01/7/2026, thay thế Luật số 38/2019/QH14; một số quy định đối với hộ kinh doanh và cá nhân được áp dụng từ tháng 01/2026. Luật được hướng dẫn chi tiết bởi Nghị định số 252/2026/NĐ-CP, đồng thời quy định các điều kiện về thuế để chuyển lợi nhuận ra nước ngoài và các quy định về tạm hoãn xuất cảnh, và Thông tư số 89/2026/TT-BTC về hồ sơ khai thuế và thủ tục. Chế tài xử phạt vẫn được quy định tại Nghị định số 125/2020/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 310/2025/NĐ-CP. Luật giữ nguyên các thời hạn quen thuộc và mức tiền chậm nộp 0,03%/ngày, nhưng rút ngắn thời hạn kiểm tra thuế, chuyển hoạt động thanh tra thuế sang áp dụng Luật Thanh tra chung, rút ngắn thời hạn khai bổ sung xuống còn năm năm và tăng cường việc thu thuế và nghĩa vụ báo cáo của bên thứ ba (Câu hỏi thường gặp số 30).

Bộ máy quản lý thuế được tái cơ cấu trong năm 2025. Theo Quyết định số 381/QĐ-BTC, từ ngày 01/3/2025, Tổng cục Thuế trở thành Cục Thuế thuộc Bộ Tài chính, và hệ thống cơ quan thuế địa phương, trong một thời gian ngắn được tổ chức thành 20 Chi cục Thuế khu vực, đã được tổ chức lại từ ngày 01/7/2025 thành 34 cơ quan thuế cấp tỉnh tương ứng với các tỉnh, thành phố sau sáp nhập, với các cơ quan thuế cơ sở trực thuộc. Doanh nghiệp làm việc với cơ quan thuế cấp tỉnh nơi đăng ký trụ sở chính, hoặc với đơn vị quản lý người nộp thuế lớn nếu được xác định là người nộp thuế lớn. Thuế hải quan do Cục Hải quan quản lý riêng (Hải quan và thuế nhập khẩu).

Đăng ký thuế, khai thuế và nộp thuế

Doanh nghiệp được cấp mã số thuế cùng với Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, mã số doanh nghiệp đồng thời là mã số thuế, và các chi nhánh, đơn vị phụ thuộc được cấp mã số thuế theo mã số của doanh nghiệp. Việc thay đổi thông tin đăng ký được thực hiện qua hệ thống đăng ký doanh nghiệp và được chuyển sang cơ quan thuế; các thay đổi chỉ liên quan đến thuế, như phương pháp tính thuế hoặc năm tài chính, được thông báo cho cơ quan thuế. Nhà thầu nước ngoài, nhà cung cấp dịch vụ số nước ngoài và cá nhân đăng ký thuế riêng trong trường hợp phải tự khai thuế.

Chu kỳ khai thuế được tóm tắt trong bảng dưới đây và được trình bày theo từng tháng tại mục Lịch tuân thủ sau khi được cấp phép. Tờ khai thuế GTGT và thuế TNCN theo tháng phải nộp chậm nhất vào ngày 20 của tháng tiếp theo, hoặc theo quý chậm nhất vào ngày cuối cùng của tháng đầu quý sau nếu doanh thu năm trước không quá 50 tỷ đồng. Thuế TNDN tạm nộp được nộp hằng quý, không phải nộp tờ khai, chậm nhất vào ngày thứ 30 của tháng đầu quý sau, và tổng số thuế tạm nộp của bốn quý phải đạt ít nhất 80% số thuế phải nộp theo quyết toán; phần chênh lệch thiếu phải chịu tiền chậm nộp kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế quý IV. Hồ sơ quyết toán thuế TNDN năm và hồ sơ quyết toán thuế TNCN của người sử dụng lao động phải nộp chậm nhất vào ngày cuối cùng của tháng thứ ba kể từ ngày kết thúc năm, hồ sơ tự quyết toán thuế TNCN của cá nhân chậm nhất vào ngày cuối cùng của tháng thứ tư. Thuế nhà thầu nước ngoài và các loại thuế khai theo từng lần phát sinh khác được khai trong vòng 10 ngày. Thời hạn nộp thuế là thời hạn nộp hồ sơ khai thuế.

Việc khai và nộp thuế được thực hiện bằng phương thức điện tử qua cổng thuế điện tử của Cục Thuế, ký bằng chữ ký số của doanh nghiệp, và tiền thuế được nộp từ tài khoản ngân hàng liên kết với mã số thuế. Luật quy định tài khoản thuế điện tử cho từng người nộp thuế, việc tự động xử lý hoàn thuế, miễn thuế, giảm thuế trên cơ sở dữ liệu điện tử và tiêu chí rủi ro, và hồ sơ tuân thủ đánh giá mức độ rủi ro của từng người nộp thuế, với quy định chi tiết sẽ được Bộ Tài chính ban hành tại một thông tư. Tổ chức tín dụng nay phải báo cáo các tài khoản thanh toán liên kết với từng mã số thuế và chia sẻ thông tin giao dịch với cơ quan thuế, và tổ chức chi trả thu nhập phải báo cáo các khoản chi trả và số thuế đã khấu trừ.

Xử phạt và tiền chậm nộp

Nghị định số 125/2020/NĐ-CP quy định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn, được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 310/2025/NĐ-CP, quy định mức phạt đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế chậm theo thời gian chậm, từ cảnh cáo đối với trường hợp chậm trong thời gian ngắn và có tình tiết giảm nhẹ đến phạt tiền tối đa 25 triệu đồng đối với hồ sơ nộp quá chậm hoặc không nộp hồ sơ khai thuế khi có phát sinh số thuế phải nộp. Trường hợp tờ khai hoặc hồ sơ quyết toán khai thiếu số thuế phải nộp, hoặc khai tăng số thuế được hoàn, được miễn, được giảm, và không thuộc trường hợp trốn thuế, mức phạt là 20% số thuế khai thiếu. Hành vi trốn thuế chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự, như không khai doanh thu, sử dụng hóa đơn bất hợp pháp hoặc cố ý khai sai để được miễn thuế, bị phạt từ một đến ba lần số thuế trốn. Bản thân doanh nghiệp có thể phải chịu trách nhiệm hình sự về tội trốn thuế theo Bộ luật Hình sự khi vượt ngưỡng luật định, và người quản lý doanh nghiệp cũng vậy. Hành vi vi phạm về hóa đơn bị xử phạt riêng theo cùng nghị định.

Trong mọi trường hợp, số thuế vẫn bị truy thu, cùng tiền chậm nộp 0,03%/ngày kể từ ngày tiếp theo ngày hết thời hạn nộp thuế đến ngày nộp thuế, mức mà luật năm 2025 giữ nguyên. Luật bãi bỏ quy định trước đây về việc không tính tiền chậm nộp khi số thuế nộp thừa được bù trừ với số thuế phải nộp, và cho phép miễn tiền phạt và tiền chậm nộp khi sự cố kỹ thuật của hệ thống cơ quan thuế khiến người nộp thuế không thể tuân thủ đúng hạn. Việc tự nguyện khai bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra phải chịu tiền chậm nộp nhưng không bị phạt khai thiếu; việc khai bổ sung làm tăng số thuế đối với kỳ đã được kiểm tra phải được cơ quan thuế chấp thuận và bị xử phạt như trường hợp cơ quan thuế phát hiện sai sót.

Cơ quan thuế có thể truy thu về trước bao lâu

Điều 44 Luật số 108/2025/QH15 quy định thời hiệu. Thời hiệu xử phạt là hai năm đối với vi phạm thủ tục thuế, như chậm đăng ký thuế hoặc chậm nộp hồ sơ khai thuế, và năm năm đối với hành vi khai thiếu dẫn đến thiếu số thuế phải nộp, khai tăng số thuế được hoàn, được miễn, được giảm, và hành vi trốn thuế chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự (khoản 7 Điều 44). Ngoài ra, người nộp thuế phải nộp đủ số thuế thiếu hoặc số thuế trốn, cùng tiền chậm nộp, trong thời hạn tối đa 10 năm về trước kể từ ngày phát hiện hành vi vi phạm, và cho toàn bộ thời gian trong trường hợp chưa từng đăng ký thuế (khoản 8 Điều 44). Khi hết thời hiệu xử phạt, không được phạt tiền, nhưng số thuế và tiền chậm nộp vẫn có thể bị truy thu trong thời hạn 10 năm.

Thời hạn để người nộp thuế tự điều chỉnh tờ khai đã được rút ngắn: hồ sơ khai bổ sung được nộp trong vòng năm năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế ban đầu, giảm từ 10 năm. Do đó, hồ sơ, chứng từ cần được lưu giữ ít nhất 10 năm, phù hợp với thời hạn lưu trữ các tài liệu kế toán quan trọng theo pháp luật kế toán, và việc thẩm định pháp lý về thuế của bên mua cũng nên rà soát lại cùng khoảng thời gian đó (Thuế đối với chuyển nhượng vốn và cổ tức).

Kiểm tra thuế và thanh tra thuế

Cơ quan thuế xem xét mọi tờ khai bằng phương thức điện tử và có thể yêu cầu giải trình tại trụ sở cơ quan thuế (kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế). Kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế theo Luật số 108/2025/QH15 nay chỉ áp dụng đối với các trường hợp rủi ro cao hơn, bao gồm tổ chức lại doanh nghiệp, thay đổi địa điểm kinh doanh và hồ sơ đề nghị miễn thuế, giảm thuế hoặc không thu thuế, với việc kiểm tra định kỳ và kiểm tra khi tổ chức lại tại trụ sở không quá một lần mỗi năm. Thời hạn kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế tối đa 20 ngày, được gia hạn một lần; kiểm tra giao dịch liên kết tối đa 40 ngày, được gia hạn một lần không quá 40 ngày; và tối đa hai năm trong trường hợp phải trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài. Cơ quan cấp trên có thể kiểm tra lại trong vòng hai năm kể từ ngày có kết luận hoặc quyết định xử phạt ban đầu. Thanh tra thuế, thủ tục chính thức hơn được sử dụng đối với các trường hợp nghiêm trọng, không còn được điều chỉnh bởi pháp luật về quản lý thuế mà được thực hiện theo Luật Thanh tra.

Việc lựa chọn đối tượng kiểm tra dựa trên rủi ro, sử dụng hồ sơ tuân thủ của người nộp thuế và dữ liệu từ hóa đơn, hải quan, ngân hàng và bên thứ ba. Tại doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài, các nội dung thường được kiểm tra nhất là: thuế GTGT đầu vào và chi phí trên hóa đơn của nhà cung cấp không tuân thủ và các khoản thanh toán bằng tiền mặt từ 5 triệu đồng trở lên; thuế nhà thầu nước ngoài đối với các khoản thanh toán ra nước ngoài; phí quản lý, tiền bản quyền và lãi vay trả cho bên liên kết và mức trần 30% EBITDA (Giao dịch liên kết, chi phí lãi vay và thuế tối thiểu toàn cầu); các điều kiện ưu đãi thuế TNDN và việc hạch toán riêng; thuế TNCN đối với thu nhập được trả ở nước ngoài và các lợi ích của người lao động nước ngoài; và hoàn thuế. Khi kết thúc kiểm tra, đoàn kiểm tra lập biên bản và kết luận, sau đó là quyết định về số thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt (nếu có); người nộp thuế nên có ý kiến bằng văn bản đối với dự thảo biên bản, vì những nội dung không được nêu vào thời điểm đó sẽ khó tranh luận hơn về sau.

Cưỡng chế và tạm hoãn xuất cảnh

Trường hợp số thuế chưa được nộp sau khi hết thời hạn nộp, cơ quan thuế có thể cưỡng chế bằng cách trích tiền từ tài khoản ngân hàng của người nộp thuế và phong tỏa tài khoản, khấu trừ một phần tiền lương của cá nhân, ngừng sử dụng hóa đơn của người nộp thuế, kê biên và bán đấu giá tài sản, thu tiền do bên thứ ba đang nắm giữ, và, theo luật năm 2025, yêu cầu người nộp thuế tạm ngừng kinh doanh và đề nghị cơ quan đăng ký kinh doanh tạm dừng việc thay đổi nội dung đăng ký. Thông tin về nợ thuế được công khai, và doanh nghiệp có nợ thuế quá hạn không được chuyển lợi nhuận ra nước ngoài (Chuyển lợi nhuận và chuyển vốn đầu tư ra nước ngoài).

Tạm hoãn xuất cảnh là biện pháp mà người quản lý nước ngoài quan ngại nhất. Theo Nghị định số 252/2026/NĐ-CP, thay thế các quy định tại Nghị định số 49/2025/NĐ-CP, cơ quan thuế có thể đề nghị cơ quan quản lý xuất nhập cảnh tạm hoãn xuất cảnh đối với một người trong các trường hợp: doanh nghiệp bị cưỡng chế thi hành quyết định hành chính về quản lý thuế và nợ thuế từ 500 triệu đồng trở lên quá hạn từ 120 ngày trở lên, khi đó biện pháp có thể áp dụng đối với người đại diện theo pháp luật và chủ sở hữu hưởng lợi của doanh nghiệp; cá nhân kinh doanh hoặc chủ hộ kinh doanh nợ thuế từ 50 triệu đồng trở lên quá hạn từ 120 ngày trở lên; doanh nghiệp không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký và không khôi phục hoặc chấm dứt hiệu lực mã số thuế trong vòng 120 ngày kể từ ngày có thông báo; hoặc người nước ngoài, công dân Việt Nam xuất cảnh để định cư ở nước ngoài hoặc người Việt Nam định cư ở nước ngoài chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế trước khi xuất cảnh. Trong các trường hợp thông thường, cơ quan thuế thông báo trước ít nhất 30 ngày qua hệ thống thuế và trên trang thông tin điện tử của mình trước khi thông báo cho cơ quan quản lý xuất nhập cảnh; đối với người nước ngoài, thông báo được gửi ngay cho cơ quan quản lý xuất nhập cảnh, và có thể được gia hạn. Biện pháp được hủy bỏ khi số nợ giảm xuống dưới ngưỡng hoặc được xóa nợ, mà không cần nộp đủ toàn bộ, và cơ quan quản lý xuất nhập cảnh phải hủy bỏ ngay khi nhận được thông báo.

Khiếu nại và khởi kiện tại Tòa án

Người nộp thuế không đồng ý với quyết định về thuế, như quyết định ấn định thuế, quyết định xử phạt, quyết định từ chối hoàn thuế hoặc quyết định cưỡng chế, có thể khiếu nại đến cơ quan đã ban hành quyết định, thông thường trong vòng 90 ngày kể từ ngày nhận được quyết định, theo pháp luật về quản lý thuế và Luật Khiếu nại số 02/2011/QH13. Khiếu nại lần đầu thông thường được giải quyết trong vòng 30 ngày kể từ ngày thụ lý, hoặc 45 ngày đối với vụ việc phức tạp. Nếu người nộp thuế không đồng ý với quyết định giải quyết lần đầu, hoặc quá thời hạn mà khiếu nại không được giải quyết, người nộp thuế có thể khiếu nại lần hai đến cơ quan cấp trên trực tiếp hoặc khởi kiện vụ án hành chính. Người nộp thuế cũng có thể khởi kiện trực tiếp mà không cần khiếu nại trước, trong thời hạn một năm kể từ ngày nhận được quyết định theo Luật Tố tụng hành chính số 93/2015/QH13; từ ngày 01/7/2025, vụ án sơ thẩm thông thường do Tòa án nhân dân khu vực giải quyết. Quyết định về thuế thông thường vẫn được thi hành trong thời gian khiếu nại hoặc khởi kiện, do đó số thuế thường được nộp với điều kiện bảo lưu quyền phản đối và được hoàn lại nếu việc phản đối thành công.

Trường hợp tranh chấp phát sinh từ việc áp dụng hiệp định tránh đánh thuế hai lần, bao gồm đánh thuế hai lần do điều chỉnh giá giao dịch liên kết, người nộp thuế cũng có thể đề nghị áp dụng thủ tục thỏa thuận song phương theo Thông tư số 95/2026/TT-BTC, thủ tục này không được xem xét khi cùng vấn đề đang được Tòa án giải quyết. Nhà đầu tư có tranh chấp với Nhà nước ở phạm vi rộng hơn, thay vì về một quyết định thuế, nên xem xét các cơ chế theo hiệp định đầu tư tại Chương 9.

Xử lý cuộc kiểm tra thuế và phản đối kết quả kiểm tra

1. Chuẩn bị khi nhận được thông báoKiểm tra phạm vi, các kỳ được kiểm tra và thành viên đoàn kiểm tra nêu trong quyết định kiểm tra; tập hợp tờ khai, sổ kế toán, hóa đơn, hợp đồng, hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết và thư từ trao đổi trước đó; chỉ định một đầu mối điều phối và một đơn vị tư vấn.
2. Cân nhắc tự nguyện khai bổ sungTrước khi công bố quyết định kiểm tra, việc khai bổ sung giúp tránh mức phạt 20%; sau khi đã công bố, việc điều chỉnh đối với kỳ đó phải được chấp thuận và bị xử phạt.
3. Quản lý quá trình kiểm tra tại trụ sởCung cấp tài liệu kịp thời trong thời hạn kiểm tra 20 ngày hoặc 40 ngày, ghi nhận bằng văn bản mọi yêu cầu và câu trả lời, và giải thích quan điểm kèm căn cứ pháp lý.
4. Có ý kiến đối với dự thảo biên bảnNêu rõ bằng văn bản mọi điểm không đồng ý trước khi ký biên bản, kèm bằng chứng; kết luận và quyết định thường dựa theo biên bản.
5. Nộp hoặc bảo đảm số tiền bị ấn địnhQuyết định thông thường vẫn được thi hành dù có phản đối; nộp tiền để ngừng phát sinh tiền chậm nộp và tránh bị cưỡng chế và tạm hoãn xuất cảnh, đồng thời bảo lưu quyền đòi lại.
6. Khiếu nại trong vòng 90 ngày hoặc khởi kiện trong vòng một nămNộp đơn khiếu nại có lập luận đến cơ quan ban hành quyết định, sau đó khiếu nại lần hai hoặc khởi kiện vụ án hành chính; đối với vấn đề liên quan đến hiệp định, cân nhắc thủ tục thỏa thuận song phương.